地理科学系下设一个本科专业（自然地理与资源环境）、一个博士点（生态水利）、三个硕士点（生态水利、自然地理、人文地理）。目前该所、系拥有教师23名，90%拥有博士学位，100%拥有硕士学位，大多具有国外留学或工作的经历。自然地理与资源环境专业的原名为资源环境与城乡规划管理，是2002年设立的教育部本科专业，2012年更名，每年招收本科生1-2个班。该专业强调在地理学科的基础上，充分依托河海大学在水资源、水环境方面的优势，突出水生态环境的监测、评价、保护与管理。
生态水利是全国目前唯一将水利工程建设与生态环境保护结合起来的专业，隶属水利工程一级学科，于2003年被批准为硕士和博士学位授予点，主要研究方向：水生态环境保护与修复、生态水利规划管理及工程生态效应、生态水文学及生态水力学、水土资源利用与生态安全。迄今已培养硕士和博士生150余名，每年就业率达100%。
自然地理专业于2006年被批准为硕士学位授予点，主要研究方向：地理环境演变及水文效应、河流与海岸地貌学、自然资源与环境管理。
人文地理专业于2006年被批准为硕士学位授予点，主要研究方向：环境景观评价与规划、区域与城乡规划、流域人文地理。
地理科学系经过近几年的发展，在水生态环境保护与修复；水资源与水生态环境综合规划；水利工程的生态环境效应；国际河流水环境保护；沿海滩涂资源地貌沉积、海岸演变与合理开发利用等方向取得很大进展，成果显著。近几年，主持和参与了国家“十二五”科技支撑计划、国家863项目、水专项、国家自然科学基金重大和重点项目、水利部公益性项目、海洋908专项、国际合作等重点项目几十余项，荣获省、部级教学和科研奖20余项，在SCI、EI、ISTP、核心刊物上发表论文500余篇，出版教材、专著等20多部，专利10余项，取得了具有重要学术价值的科研成果。