院徽外形与河海大学校徽的梅花形图案一致，梅花作为南京市市花，突显了学校所在地的地城特色。

院徽上半部分是中国艺术研究院中国书法院管峻院长题写的中文名称，下半部分是英文名称。居中的是地理的英文首字母G环绕地球以及体现科技感的遥感卫星，下方水波纹体现了河流、海洋等自然地理元素，突显了学院流域地理学办学特色。

院徽以“河海蓝”为主色调，辅以渐变的浅色调。蓝色代表永恒与希望，是广家的天空、美丽的地球、浩渺的海洋，寓意河海地理人脚踏实地仰望星空，入主流有特色推进高质量内涵式发展。